Protel99SE提供的物理层面有：32个信号层（SignalLayers），即顶层、底层和30个中间层；（）个内部电源/接地层（InternalPlaneLayers）；（）个机械板层（MechanicalLayers）；（）个阻焊层（SolderMaskslayers）；（）个锡膏防护层（Pastemasklayers）；（）个丝印层（Silkscreenlayers）；（）个禁止布线层（Keepoutlayer）；（）个多层（Multilayer）；（）个钻孔层（Drilllayers）。在实际的设计过程中，几乎不可能打开所有的工作层，这就需要用户设置工作层，将自己需要的工作层打开。